Die Geschichte des Johanniterkellers lässt sich bis ins 13. Jahrhundert zurückverfolgen. Damals besassen viele Schweizer Klöster und Abteien Weingüter am Bielersee. Das Haus vor der Twanner Kirche gehörte der Komturei Münchenbuchsee des Johanniterordens. 1528 wurde es vom Staat Bern säkularisiert. Als Mitte des 19. Jahrhunderts die neue Staatstrasse am See entlang geführt wurde, verkaufte der Kanton das Gut an die Familie Hubacher.
Seit 1996 führt Martin Hubacher das Johannitergut, zusammen mit seiner Frau, Michaela Gabriel.